开讲了,,华大基因

导读：　开讲了,,华大基因(共6篇)[开讲啦]汪建：玩转基因,一百岁的梦想[开讲啦] 20150516 汪建：一百岁的梦想 本期视频主要内容： 汪建，他执掌人类基因测序机构，投身人类基因组计划。汪建表示基因是生命的基本因素，控制生老病死，基因科技不仅能够预防和预知出生缺陷，还能够预防肿瘤。汪建向大家介绍基因检测的作用是：预测、监测、精...

篇一 开讲了,,华大基因
[开讲啦]汪建：玩转基因,一百岁的梦想

　　[开讲啦] 20150516 汪建：一百岁的梦想

　　本期视频主要内容： 汪建，他执掌人类基因测序机构，投身人类基因组计划。汪建表示基因是生命的基本因素，控制生老病死，基因科技不仅能够预防和预知出生缺陷，还能够预防肿瘤。汪建向大家介绍基因检测的作用是：预测、监测、精准治疗，他还表示管住嘴、迈开腿，就能治好心脑血管病。（《开讲啦》 20150516 汪建：一百岁的梦想）

　　汪建是一个桀骜不羁的科研狂人，早在上个世纪，他便带领团队挑起人类基因研究大梁，凭借对市场需求的精准把握，依靠在基因科研领域的世界领先优势，率领华大基因将触角伸向学业、产业、教育等领域，并且以十个国内外片区，将业务影响辐射全球，进而建立起世界级“基因帝国”。 

撒贝宁、汪建 

　　他执掌全球最大的人类基因测序机构，投身人类基因组计划，他就是生命科学家、华大基因CEO——汪建。他的梦想，是让所有人“生的优，病的少，人人活到100岁”。 

　　本周六晚，生命科学家汪建做客由中央电视台综合频道和唯众传媒联合制作的中国首档青年电视公开课《开讲啦》。“文科生”撒贝宁遭遇“理科生”汪建，将擦除怎样的火花？青年代表频频犀利发问，汪建又将如何解答？5月16日晚，《开讲啦》邀您一起看汪建如何“玩转基因”。

篇二 开讲了,,华大基因
华大基因生物信息学培训教材

生物信息学培训教材

北京华大基因研究中心

目录

第1章 Unix/Linux操作系统介绍............................................................................................................4

1.1 文件和目录相关.........................................................................................................................4

1.2 压缩和解压缩.............................................................................................................................4

1.3 进程及其他................................................................................................................................5

1.4 远程登陆....................................................................................................................................6

1.5 软件安装简介............................................................................................................................12

第2章 数据的基本处理.........................................................................................................................13

2.1测序原理介绍............................................................................................................................13

2.2峰图转化 Phred........................................................................................................................13

2.3 Phd2Fasta................................................................................................................................20

2.4载体屏蔽 Crossmatch..............................................................................................................23

2.5 序列聚类拼接...........................................................................................................................29

2.5.1 Phrap.............................................................................................................................29

2.5.2 Cap3..............................................................................................................................39

2.6 Consed......................................................................................................................................43

2.7 Primer3....................................................................................................................................57

第3章 序列的比对................................................................................................................................62

3.1 全局比对..................................................................................................................................62

3.1.1 Clustalw...........................................................................................................................62

3.1.2 MUSCLE.........................................................................................................................78

3.1.3 HMMER..........................................................................................................................81

3.2 局部比对..................................................................................................................................85

3.2.1 Blast.................................................................................................................................85

3.2.2 blat...................................................................................................................................98

3.2.3 blastz..............................................................................................................................104

3.2.4 GeneWise.......................................................................................................................110

3.2.5 Fasta...............................................................................................................................119

3.2.6 Exonerate.......................................................................................................................127

3.2.7 Sim4...............................................................................................................................132

第4章 基因组/基因的注释.................................................................................................................140

4.1 重复序列分析.........................................................................................................................140

4.1.1 RepeatMasker.............................................................................................................140

4.1.2 Trf..............................................................................................................................151

4.1.3 LTR_STRUC...................................................................................................................155

4.2 RNA分析..................................................................................................................................158

4.2.1 tRNAScan.....................................................................................................................158

4.2.2 MicroRNA.....................................................................................................................163

4.2.3 snoRNA.........................................................................................................................171

4.2.4 rRNA（rfam）.............................................................................................................175

4.3 基因预测................................................................................................................................179

4.3.1 Glimmer.......................................................................................................................179

4.3.2 GlimmerM.....................................................................................................................184

4.3.3 Genscan.......................................................................................................................188

4.3.4 TwinScan.....................................................................................................................191

4.3.5 BGF..............................................................................................................................193

4.3.6 Fgenesh.......................................................................................................................196

4.4 基因功能注释.........................................................................................................................198

4.4.1 InterproScan.............................................................................................................198

4.4.2 WEGO............................................................................................................................203

第5章 SNP分析....................................................................................................................................209

5.1 Polyphred..................................................................................................................................209

5.2 SNPdetector..............................................................................................................................215

5.3 CrossMatch...............................................................................................................................221

第6章 进化分析专题...........................................................................................................................224

6.1 Phylip........................................................................................................................................224

6.2 Paml..........................................................................................................................................230

6.3 KaKs_Calculator.......................................................................................................................237

6.4 FGF...........................................................................................................................................244

6.5 mega..........................................................................................................................................257

第7章 基因表达分析专题...................................................................................................................261

7.1 EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签（EST）分析.............................................261

7.1.1 EST基本介绍...............................................................................................................261

7.1.2 EST分析流程介绍.......................................................................................................264

7.1.3 EST的应用...................................................................................................................278

7.1.4 实例............................................................................................................................279

7.1.5 参考文献.....................................................................................................................280

7.2 生物芯片(Microarray)分析.................................................................................................280

7.2.1 背景介绍.....................................................................................................................280

7.2.2 芯片的数据分析.........................................................................................................283

7.2.3 芯片Oligo设计...........................................................................................................298

7.3 Motif预测..............................................................................................................................300

7.3.1 MEME/MAST系统...........................................................................................................300

7.3.2 MDScan.........................................................................................................................315

第8章 蛋白质结构预测.......................................................................................................................318

8.1 蛋白质结构知识介绍...........................................................................................................318

8.2 蛋白质结构预测方法...........................................................................................................327

8.3 蛋白质结构预测的Threading方法..................................................................................328

8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍...........................................................................................328

第9章 公用数据库介绍.......................................................................................................................341

9.1 NCBI.........................................................................................................................................341

9.2 UCSC........................................................................................................................................351

9.3 Ensembl....................................................................................................................................357

第1章 Unix/Linux操作系统介绍

1.1 文件和目录相关

mkdir dirname

mkdir data 建立子目录. 注意:用户不能在一个不存在的目录中建立子目录。 在当前目录下建立子目录data

mkdir /usr/data 在/usr/目录下建立子目录data，此时/usr目录必须已经存在。

rmdir dirname 删除空目录，目录里面如有文件或目录则无法删除。

pwd 显示用户目前所在目录

cd dirname 切换目录。【开讲了,,华大基因】

cd . "."表示当前目录

cd .. ".."表示上一层目录

cd / "/"表示根目录

cd ~ "~"表示宿主目录(用户登录时所在的目录)

cd /usr/bin

ls 切换到/usr/bin目录下 查看文件信息，这是最基本的档案指令。 ls 的意义为 "list"，也就是将某一个目录或是某一个档案的内容显示出来。 ls命令可加参数很多，我们这里不一一列出，只给出较常用的几个，各参数可以混合使用。

ls 不加任何信息，显示目前目录中所有文件。

ls [file] 显示特定的文件。如：% ls /home2/X11R5

ls –a 显示所有的文件和目录，若无此参数，句点开始的文件和目录不会显示出来，即以”.”开头的文件，如 tcsh的初设档 .tcshrc；如果我们要察看这类档案，则必须加上参数 -a

ls -l 这个参数代表使用 ls 的长( long )格式，可以显示更多的信息，包括文件的权限、所有者、大小、最后更改日期等。如：

ls -l file1

-rwx--x--x 1 soft bgi Aug 8 05:08 file1

第一列表示文件得属性，linux下文件分三个属性：可读r，可写w，可执行x

第一个字符表示是目录(d)或链接文件(l)或单纯的文件(-)等

第2-4字符”rwx” 表示此文件属主soft对文件file1的权利为”可读、可写、可执行”； 第5-7字符”r-x” 表示此用户组bgi内的用户对文件file1的权利为：”可读、不可写、可执行”；

第8-10字符”r--” 表示其他用户对文件file1的权利为”可读、不可写、不可执行” 第二列表示文件个数，如果是文件则为1，如果是目录则表示里面的文件个数。 第三列别是此文件或目录的拥有者。

第四列表示文件所有者所属的组【开讲了,,华大基因】

第1章 Unix/Linux操作系统介绍 2

第五列表示文件大小，用byte表示

第六列表示文件的修改日期

第七列表示文件或目录名称

ls –t

ls –F 按文件最后更改时间排序文件 在文件后面加上类型标识：如果是目录，则在后面加”/”，如果是可执行文件，则在后面加”*”，如果是个链接，则在后面加”@”

more [file] 显示文件，按屏显示，空格键翻页，回车键每次只翻一行，敲入q/Q/:q/:Q/ZZ等都可提前退出more命令。

less [file] 基本同more命令，可以使用方向键随意滚动文件。

less –S 分列显示

less –help 显示详细说明文档

cat [file] 显示文件内容，所有内容全部显示。

cat –n [file] 在显示内容前加上行号

cp 拷贝文件，可以将文件拷贝成另一个文件，或是拷贝到另一个目录中。可以使用通配符拷贝具有同一特征的所有文件。

cp file1 file2 将file1拷贝成file2

cp /usr/file2 ./ 将/usr目录下的文件file2拷到当前目录下

cp –i

cp –R 覆盖相同名称文件前先询问用户 递归拷贝，即拷贝时将所有目录一并拷贝

cp --help 查阅命令详细使用信息

mv 移走目录或者改文件名

mv file1 file2 将file1 改名为 file2

mv filename dirname/ 将文件移至某一目录下

mv –help 查阅命令详细使用信息

rm 删除文件或目录

rm file1 file2 file3 ….

rm * 删除当前目录下所有文件

rm –f

rm –i

rm –r 强制删除文件，删除时，不提出任何警告讯息。 删除文件之前均会询问是否真要删除，y/n指示下一步。 递回式的删除，即逐级删除目录下的子目录。

rm –help 查阅命令详细使用信息

chmod

更改文件或目录权限 chmod –r file 更改所有的权限，包括子目录及其内文件。

chmod nnn file(s) n从0到7，权限可相加。依次代表用户、组成员、其他人的权限。

篇三 开讲了,,华大基因
华大基因中心融资投资立项项目可行性研究报告(非常详细)

华大基因中心立项投资融资项目 可行性研究报告

(典型案例〃仅供参考)

广州中撰企业投资咨询有限公司

地址：中国〃广州

目 录

第一章 华大基因中心项目概论 ............................................................... 1

一、华大基因中心项目名称及承办单位 ................................................... 1

二、华大基因中心项目可行性研究报告委托编制单位........................... 1

三、可行性研究的目的 ............................................................................... 1

四、可行性研究报告编制依据原则和范围 ............................................... 2

（一）项目可行性报告编制依据 ............................................................... 2

（二）可行性研究报告编制原则 ............................................................... 2

（三）可行性研究报告编制范围 ............................................................... 4

五、研究的主要过程 ................................................................................... 5

六、华大基因中心产品方案及建设规模 ................................................... 6

七、华大基因中心项目总投资估算 ........................................................... 6

八、工艺技术装备方案的选择 ................................................................... 6

九、项目实施进度建议 ............................................................................... 6

十、研究结论 ............................................................................................... 6

十一、华大基因中心项目主要经济技术指标 ........................................... 8

项目主要经济技术指标一览表 ................................................................... 9

第二章 华大基因中心产品说明 ............................................................. 15

第三章 华大基因中心项目市场分析预测 ............................................. 15

第四章 项目选址科学性分析 ................................................................. 15

一、厂址的选择原则 ................................................................................. 15

二、厂址选择方案 ..................................................................................... 16

四、选址用地权属性质类别及占地面积 ................................................. 16

五、项目用地利用指标 ............................................................................. 16

项目占地及建筑工程投资一览表 ............................................................. 17

六、项目选址综合评价 ............................................................................. 18

第五章 项目建设内容与建设规模 ......................................................... 19

一、建设内容 ............................................................................................. 19

（一）土建工程 ......................................................................................... 19

（二）设备购臵 ......................................................................................... 19

二、建设规模 ............................................................................................. 20

第六章 原辅材料供应及基本生产条件 ................................................. 20

一、原辅材料供应条件 ............................................................................. 20

（一）主要原辅材料供应 ......................................................................... 20

（二）原辅材料来源 ................................................................................. 20

原辅材料及能源供应情况一览表 ............................................................. 21

二、基本生产条件 ..................................................................................... 22

第七章 工程技术方案 ............................................................................. 23【开讲了,,华大基因】

一、工艺技术方案的选用原则 ................................................................. 23

二、工艺技术方案 ..................................................................................... 24

（一）工艺技术来源及特点 ..................................................................... 24

（二）技术保障措施 ................................................................................. 24

（三）产品生产工艺流程 ......................................................................... 24

华大基因中心生产工艺流程示意简图 ..................................................... 24

三、设备的选择 ......................................................................................... 25

（一）设备配臵原则 ................................................................................. 25

（二）设备配臵方案 ................................................................................. 26

主要设备投资明细表 ................................................................................. 27

第八章 环境保护 ..................................................................................... 27

一、环境保护设计依据 ............................................................................. 27

二、污染物的来源 ..................................................................................... 29

（一）华大基因中心项目建设期污染源 ................................................. 29

（二）华大基因中心项目运营期污染源 ................................................. 29

三、污染物的治理 ..................................................................................... 30

（一）项目施工期环境影响简要分析及治理措施 ................................. 30

1、施工期大气环境影响分析和防治对策 ............................................... 30

2、施工期水环境影响分析和防治对策 ................................................... 34

3、施工期固体废弃物环境影响分析和防治对策 ................................... 35

4、施工期噪声环境影响分析和防治对策 ............................................... 36

5、施工建议及要求 ................................................................................... 38

施工期间主要污染物产生及预计排放情况一览表 ................................. 40

（二）项目营运期环境影响分析及治理措施 ......................................... 41

1、废水的治理 ........................................................................................... 41

办公及生活废水处理流程图 ..................................................................... 41

生活及办公废水治理效果比较一览表 ..................................................... 42

生活及办公废水治理效果一览表 ............................................................. 42

2、固体废弃物的治理措施及排放分析 ................................................... 42

3、噪声治理措施及排放分析 ................................................................... 43

主要噪声源治理情况一览表 ..................................................................... 45

四、环境保护投资分析 ............................................................................. 45

（一）环境保护设施投资 ......................................................................... 45

（二）环境效益分析 ................................................................................. 46

五、厂区绿化工程 ..................................................................................... 46

六、清洁生产 ............................................................................................. 47

七、环境保护结论 ..................................................................................... 47

施工期主要污染物产生、排放及预期效果一览表 ................................. 48

第九章 项目节能分析 ............................................................................. 49

一、项目建设的节能原则 ......................................................................... 49

二、设计依据及用能标准 ......................................................................... 49

（一）节能政策依据 ................................................................................. 49

（二）国家及省、市节能目标 ................................................................. 50

（三）行业标准、规范、技术规定和技术指导 ..................................... 51

三、项目节能背景分析 ............................................................................. 51

四、项目能源消耗种类和数量分析 ......................................................... 53

（一）主要耗能装臵及能耗种类和数量 ................................................. 53

1、主要耗能装臵 ....................................................................................... 53

2、主要能耗种类及数量 ........................................................................... 53

项目综合用能测算一览表 ......................................................................... 54

（二）单位产品能耗指标测算 ................................................................. 54

单位能耗估算一览表 ................................................................................. 55

五、项目用能品种选择的可靠性分析 ..................................................... 56

六、工艺设备节能措施 ............................................................................. 56

七、电力节能措施 ..................................................................................... 57

八、节水措施 ............................................................................................. 58

九、项目运营期节能原则 ......................................................................... 58

十、运营期主要节能措施 ......................................................................... 59

十一、能源管理 ......................................................................................... 60

（一）管理组织和制度 ............................................................................. 60

（二）能源计量管理 ................................................................................. 60

十二、节能建议及效果分析 ..................................................................... 61

（一）节能建议 ......................................................................................... 61

（二）节能效果分析 ................................................................................. 61

第十章 组织机构工作制度和劳动定员 ................................................. 62

一、组织机构 ............................................................................................. 62

二、工作制度 ............................................................................................. 62

三、劳动定员 ............................................................................................. 63

四、人员培训 ............................................................................................. 63

篇四 开讲了,,华大基因
华大基因创新

篇五 开讲了,,华大基因
6-Re-sequencing(华大基因高通量测序内部培训资料)

篇六 开讲了,,华大基因
华大基因_基础推动产业_曹希文

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